Часть 4: Нюансы, "скрытые возможности" и частые ошибки

Это моменты, которые могут сэкономить вам много времени и уберечь от неверных выводов.

1. Мышление при поиске: "Я ищу ЭТО или что-то ПОХОЖЕЕ?"

Это самый важный вопрос, который вы должны задавать себе перед каждым поиском.

  • Если вы уверены, что соединение стандартное и должно быть в библиотеке (например, кокаин, кофеин, известный пестицид), ваш выбор — Identity Search. Он оптимизирован для поиска точных совпадений.
  • Если вы анализируете что-то неизвестное, метаболит, продукт синтеза, новый дизайнерский наркотик — сразу начинайте с Similarity: Hybrid Search. Не тратьте время на Identity, он, скорее всего, даст низкие результаты и введет в заблуждение. Hybrid Search — ваш главный инструмент для исследования неизвестного.

2. Ловушка гибридного поиска (Hybrid Search) для EI спектров

Для EI Hybrid Search требуется молекулярная масса (Precursor MW). Если вы ее не укажете, программа попытается ее угадать, но может ошибиться, и результаты будут неверными.

  • Проблема: У многих EI спектров нет пика молекулярного иона.
  • Решение: Если у вас нет точных данных о молекулярной массе из других экспериментов (например, химическая ионизация), лучше не использовать Hybrid Search вслепую. Результаты могут быть некорректными. Этот поиск наиболее ценен, когда у вас есть надежное значение MW.

3. Не бойтесь "беспорядка" в результатах MS/MS поиска

Когда вы впервые делаете поиск по тандемным библиотекам, список результатов (Hit List) может показаться хаотичным: десятки хитов для одного соединения с разными аддуктами, энергиями и т.д.

  • Это не ошибка, это особенность! Библиотека специально содержит спектры, снятые в разных условиях, чтобы повысить шансы на совпадение.
  • Ваш рабочий процесс должен быть таким:
    1. Выполнить поиск.
    2. Включить фильтр (Hit List Filter, иконка "воронка").
    3. Выбрать интересующий вас аддукт (например, [M+H]+).
    4. Нажать кнопку Best matching only.
  • Только после этих шагов список результатов станет чистым, ясным и пригодным для анализа.

4. InChIKey — ваш мост во внешний мир

У каждого соединения в библиотеке NIST есть строка под названием InChIKey. Не игнорируйте ее.

  • Что это? Это уникальный, стандартизированный "штрих-код" для химической структуры.
  • Как использовать? Скопируйте InChIKey из окна Text Information и вставьте его в Google, PubChem или любой другой научный поисковик. Вы мгновенно найдете всю доступную информацию об этом соединении: статьи, патенты, свойства, токсичность. Это невероятно ускоряет сбор данных о найденном веществе.

5. MS Interpreter — не просто просмотрщик, а инструмент валидации

Многие используют MS Interpreter только для просмотра структур. Его истинная сила в другом.

  • Проверка гипотезы: Допустим, Hybrid Search предполагает, что ваше неизвестное — это фентанил с добавленной пропильной группой. Вы можете нарисовать эту гипотетическую структуру в любом хим. редакторе, скопировать ее и вставить в MS Interpreter рядом с вашим спектром.
  • Что произойдет? MS Interpreter попытается объяснить фрагментацию вашего спектра на основе предложенной структуры. Если ключевые пики спектра объясняются логичными разрывами связей в вашей гипотетической структуре, вы с высокой вероятностью подтвердили свою догадку. Это мощнейший инструмент для валидации структурных гипотез.

6. Вся соль в метаданных (Text Information)

Не пренебрегайте окном с текстовой информацией. Иногда там можно найти настоящие сокровища.

  • Comments: Часто содержит информацию об условиях эксперимента, от кого получен спектр, о чистоте образца.
  • Other DBs: Показывает, в каких еще (не масс-спектральных) базах данных встречается это соединение (токсикологических, фармацевтических и т.д.). Это дает контекст.
  • Данные по Retention Index: Если для хита есть экспериментальные индексы удерживания, они будут перечислены здесь с указанием типа колонки. Это критически важная информация для подтверждения идентификации в хроматографии.

7. "Золотое правило" чистого рабочего процесса

Всегда используйте .INI файлы для разных задач.

  • Проблема: Вы сделали сложный поиск с кучей Constraints. Потом забыли их сбросить. Следующие несколько "простых" поисков выдают странные или пустые результаты, и вы тратите час, пытаясь понять, что не так.
  • Решение: Заведите себе правило. Перед началом работы загрузите нужную конфигурацию через File -> Restore Configuration. Например, EI_Simple_Search.ini. Это гарантирует, что все настройки сброшены в известное, чистое состояние. Это простое действие убережет вас от огромного количества ошибок и потерянного времени.